ESBL-, AmpC-and carbapenemase-producing commensal Escherichia coli in domestic ruminants: Phenotypic and whole genome-based characterization to investigate antimicrobial resistance diversity and within-farm transmission dynamics

Abstract

La resistencia a los antimicrobianos es un grave problema de salud pública. Los animales de abasto pueden actuar como reservorio de bacterias resistentes tales como Escherichia coli productor de ß-lactamasas de espectro extendido (BLEE), cefalosporinasas AmpC y carbapenemasas (CP). En esta Tesis se ha realizado un estudio transversal en rebaños de rumiantes domésticos de la CAV para estimar la prevalencia de E. coli comensal productor de BLEE, AmpC y CP, se ha estudiado su dinámica de transmisión en granjas de bovino lechero y se han utilizado técnicas de secuenciación masiva de genoma completo (WGS) para caracterizar sus genomas y determinantes génicos de resistencia. Los resultados revelan que los rumiantesde la CAV, en particular el ganado bovino lechero, son importantes reservorios de cepas de E. coli productoras de BLEE y multi-resistentes, y se ha constatado que la presencia de E. coli productores de CPs es muy esporádica (un único aislado procedente de terneras de ganado bovino de leche). La secuenciación del genoma de este único aislado permitió la caracterización completa del primer E. coli productor de una carbapenemasa NDM-1 descrito en ganado bovino. Además, gracias a la caracterización por WGS se ha identificado por primera vez en ganado bovino la presencia de Escherichia marmotae, una especie indistinguible de E. coli por técnicas fenotípicas. Con anterioridad esta especie solo había sido descrita en marmotas del Himalaya pero recientemente se ha demostrado su relevancia en clínica humana. Se ha descrito también la compleja epidemiología que subyace a la diseminación de E. coli productor de BLEE en las granjas de bovino lechero.