A holo-omic approach towards a more sustainable broiler chicken production.

Abstract

En esta tesis introduzco una perspectiva holo-ómica para estudiar las interacciones huésped-microbiota en pollos de engorde de producción intensiva en relación con el rendimiento. Informo de los resultados de 3 ensayos experimentales idénticos que llevamos a cabo en 2019, en los que pollos de 2 líneas genéticas y de ambos sexos fueron criados bajo 3 tratamientos dietéticos, todos ellos estrechamente monitorizados a lo largo de su periodo de producción. La tesis engloba 3 artículos de investigación originales que resumen el trabajo colaborativo que he llevado a cabo con el resto de socios dentro del proyecto H2020 HoloFood. Identificamos una alta variación interindividual en el rendimiento del crecimiento de los pollos en los dos primeros ensayos, y una colonización oportunista de Campylobacter spp. ligada a un menor crecimiento de los pollos en el tercer ensayo. La tesis gira en torno a la hipótesis de que ambas tendencias de rendimiento pueden explicarse en parte por la interacción del hospedador y las comunidades microbianas intestinales asociadas. Nuestros hallazgos revelan que el microbioma intestinal transita de bacterias de alta capacidad funcional a bacterias de baja capacidad a medida que los pollos crecen, con una transición más pronunciada asociada positivamente al crecimiento de los pollos. Además, descubrimos que una propagación temprana de Bacteroides fragilis_A facilita la colonización por Campylobacter cambiando el perfil funcional de la comunidad microbiana con una actividad metabólica mayor y más especializada que impide que el hospedador gane peso. Esta tesis avanza colectivamente en nuestra comprensión de las interacciones huésped-microbiota en pollos de engorde, abriendo nuevas vías en la búsqueda de soluciones basadas en microbios para mejorar la producción animal de forma sostenible.