Diseño y utilidad de un protocolo de PCR múltiple mediante el análisis de regiones microsatélites para la diferenciación de aislamientos clínicos de Candida parapsilosis sensu stricto

Abstract

La tipificación molecular de regiones microsatélites (STR), es una herramienta de genotipado queposibilita el estudio de las relaciones filogenéticas entre diferentes aislamientos de microorganismos, conaplicaciones muy diversas en epidemiología y microbiología molecular como puede ser la investigaciónde brotes asociados a infecciones (sean nosocomiales o comunitarias) para identificar los posiblesmecanismos de transmisión de las mismas en la población.El presente trabajo de Tesis Doctoral pretende avanzar en la utilidad y aplicabilidad de la genotipadomediante STR de la levadura Candida parapsilosis sensu stricto, desarrollando y validando un nuevoprotocolo de detección múltiple con un esquema de amplificación touchdown, adaptando el protocolosingleplex original publicado por Sabino et al. en 2010. Durante la etapa de validación se estudiaron laeficacia (utilizando cepas de referencia) como la efectividad (empleando aislamientos clínicos deCandida parapsilosis sensu stricto obtenidos de pacientes con candidemia asociada a dispositivosintravasculares) del nuevo método. Para completar dicho análisis se valoró la concordancia del nuevométodo frente al de referencia y se analizó del poder discriminativo de dicha técnica mediante laestimación de cuatro parámetros (PIC, índice de Simpson, heterocigosidad estimada y la entropía).Los resultados obtenidos estimaron unos valores de sensibilidad y especificidad del 100%, con unosintervalos de confianza al 95% (IC95%) entre 0,158 - 1, y 0,753 ¿ 1 respectivamente. Asimismo, laconcordancia entre ambas técnicas (nueva y original) fue perfecta (índice Kappa: 1 IC95%) lo quegarantiza que el método optimizado es equivalente al protocolo original, permitiendo el acortamiento derealización de la técnica hasta la obtención de los resultados, permitiendo su simplificación de la técnica yabriendo la posibilidad de su automatización. Por último, cabe resaltar que el nuevo método, permitióidentificar de manera más fiable las candidemias relacionada a catéter poder establecer relacionesfilogenéticas entre las muestras tanto de sangre como de catéter en función de su genotipo y no sólo de suespecie tal y como viene haciéndose en la práctica clínica. Por este motivo, la técnica descrita y propuesta en el presente trabajo puede contribuir a la mejora del diagnóstico, tratamiento y manejo de lascandidiasis invasivas causadas por Candida parapsilosis sensu stricto.