Analisi teknika bioinformatiko masiboak eta zelularrak mikroorganismoen garapena eta beraien arteko interakzioak aztertzeko

Abstract

Aspergillus nidulans onddoa organismo modelo nagusietako bat da onddo harizpitsuenugalketa asexualaren kontrol genetiko eta molekularraren azterketan zein metabolito sekundarioen ikerketa eta identifikazioan. Horren bestez, gradu amaierako lan honetan, bi ikerketa ildo jarraitu dira. Alde batetik, garapen asexuala mugatua duen FLIP57 mutantearen genomaren sekuentziazioaren azterketa bioinformatikoa egin da, ziklo asexuala kontrolatzen duten eta fenotipo horren erantzule izan litezkeen gene eta mutazio berriak identifikatzeko. Bestetik, onddo eta bakterioen artean komunikazio kimikorako mekanismoak egon litezkeen aztertzeko, A. nidulans eta hainbat bakterio azido-laktiko (BAL) andui elkarrekin hazi dira, lehenaren hazkuntza edo garapenean aldaketak eragin ditzaketen BAL anduiak identifikatzeko.Azterketa bioinformatikoak ustez ziklina bat kodetzen duen gene bat identifikatzera eraman gaitu. A. nidulans-BAL kulturei dagokionez, berriz, E11 BAL anduiak aktibitate antifungikoa izan dezakeela ondorioztatu da. Emaitza hauek Aspergillus nidulans onddoaren garapen asexualaren inguruan eta bere generoko patogenoen kontrako antifungiko berrien identifikaziorako ikerketa ildo berriak zabaltzen dituzte

The fungus Aspergillus nidulans is one of the main fungal species used as a reference not only for the study of the genetic and molecular mechanisms controlling asexual development, but also for the study and identification of secondary metabolites. Therefore, two research lines have been initiated in this end-of-degree project. On the one hand, and in order to identify new genes controlling asexual development, a bioinformatic analysis of the FLIP57 mutant genome was done. Asexual spore production is blocked in this mutant strain, purportedly due to a mutation in a specific gene. Multiple bioinformatic tools were used to identify that mutation. On the other hand, specific strains of A. nidulans and lactic-acid bacteria (BAL) were cultivated together, with the aim of observing if any of them is able to modify fungal growth and developmental patterns. That would imply the existence of a chemical communication mechanism between fungi and BAL. The bioinformatic analysis led us to identify a gene which is predicted to encode a putative cycline. Furthermore, the A. nidulans-BAL co-cultivation showed that the BAL E11 strain might have some antifungal activity. Overall, results open new research lines on the genetic control of the asexual development in A. nidulans as well as the identification of new antifungals against pathogens of the genus Aspergillus.