Micro and Macro-Evolutionary Studies in Non-Model Species: a Transcriptomic Perspective in Teleosts

Abstract

Los recursos genómicos y las herramientas bioinformáticas son muy escasas en especies no modelo. ElRNA-Seq puede ser una herramienta efectiva para generar tales recursos genómicos con el objetivo derevelar la variación genética y funciones necesarias en estudios micro- y macro-evolutivos.La primera sección de esta Tesis aborda la presencia o ausencia de los filogrupos Este y Oeste de dospoblaciones cultivadas de Tinca tinca en Europa Central. Nuestro estudio respalda la hipótesis de que losindividuos analizados resultan ser un mosaico genómico de ambos filogrupos, y que las diferencias entrelas dos razas se deben a la composición inicial de los filogrupos en el momento de su fundación.La segunda sección de esta Tesis describe EXFI, un método que utiliza algoritmos de última generaciónpara dividir tránscritos en exones.La tercera sección muestra un método de muestreo optimizado para la caracterización de tránscritos.Apliqué la estrategia multi-tejido para obtener muestras, secuenciar y ensamblar el transcriptoma másexhaustivo de la sardina europea.En la última sección, estudié las relaciones evolutivas dentro de los Clupeiformes. Recopilé un granconjunto de transcriptomas de doce especies, construí su árbol filogenético, y descubrí grupos de genesbajo selección positiva. La principal conclusión es que la evolución ha moldeado la maquinaria molecularde los Clupeiformes hacia un almacenamiento y transporte de lípidos mejorado.