Salmonella enterica-ren andui monofasikoen karakterizazio molekularra eta epidemiologikoa

Abstract

Salmonelosia, Salmonella generoko bakterioak eragindako janari intoxikazio ohikoenetariko bat da herrialde garatuetan eta gastroenteritis zorrotza da manifestazio nagusia. Salmonella enterica XIX mendetik ezaguna den patogeno bat da, eta gaur egun 2.500 serotipoak baino gehiago deskribatuta daude. Hala ere, guztiak ez dute garrantzi bera izan, eta lagin klinikoetan maiz isolatuak direnak izan dira kontrol eta segimendu epidemiologiko sakonagoa jaso dituztenak. Salmonella-ren birulentzia oso konplexua da eta ikaragarri aldatzen da serotipoen eta serotipo beraren barruan dauden anduien artean. Bariante monofasiko berrien agerpena azken urteen esklusiboa ez izan arren, gaur egun biologia molekularrean eskuragarri dauden erremintak erraztu dute aurrez karakterizatu gabe zeuden barianteen gehiagoren identifikazioa. Doktore-tesi honen lana oinarritu zen gure herrialdean zirkulatzaileak diren Typhimurium serotipoko 4,[5],12:i:- bariante monofasikoaren isolatuen karakterizazio molekularrean, baita azken urteetan garrantzi klinikoko beste isolamendu monofasikoena: 4,5,12:b:- eta 4,12:d:- isolatuena, bere jatorri ebolutibo posiblea identifikatzen saiatuz. Era berean eta bigarren helburu bezala ikerkuntza proiektu honetan zehar diseinatutako eta erabilitako erreminta epidemiologikoak eskaintzea bariante monofasiko berri hauen detekzioa, kontrola eta segimendua hobetzeko. Lan honetan karakterizatutako barianteen jatorria eta eboluzioa, mutazioen, hautespen-naturalaren eta isolamenduaren ondorioa dira, hain zuzen ere elementu genetiko mugikorren transposizioaz eraginda izan daitezkela. Elementu genetiko transposagarriak edo transposonak 70. hamarkadan aurkitu ziren eta IS1 izan zen identifikatutako lehenengo insertzio sekeuntzia, E. coli-n. Insertzio-sekuentziak Baketrio Gram-negatiboen kromosomaren edo plasmidoen osagai arruntak bezala agertzen ziren. Normalean IS-ak DNAren zonalde konkretuekiko preferentzia. Normalean IS-ek lehentasuna erakusten dute DNAko eskualde zehaztuetan txertatzeko, zeinek iradokitzen du IS-en mutur terminalek zenbait itu-sekuentzia ezagutu ditzaketela kromosoman zeharreko txertatze-prozesuan. Lan honetan 4,[5],12:i:-, 4,5,12:b:- eta 4,12:d:- formula antigenikoekiko lau isolatuten bildumak karakterizatu dira, fagotipifikazioaren, antibitipifikazioaren, PFGE-a, MLVA, PCR-a eta sekuentziazioaren bitartez. Lortutako datuekin 1 eta 2 bildumetako anduiak Salmonella Typhimurium-etik datozela ondorioztatu ahal izan da, hala ere haien artean lerro ebolutibo desberdinak bereizten dira. Lehen bilduma osatzen duen klonak, Salmonella Typhimurium U302 fagotipodun andui batetik dator, pU302L plasmidoarekin eta R-ACSuGSTSxT erresistentzia anitzetako profilarekin, bertan pU302L plasmidoko IS26-ren hirugarren kopiak kromosomaren sekuentzia ezagun bat detektatzean bigarren faseko flageloaren delezioa sortuko lukeen toki horretan txertatu ondoren eta gertaera hau gutxienez hiru aldi desberdinetan gertatuko zen baina delezioaren hasiera beti puntu berean izango zen. Antzemandako homogeneotasun altua sailkatzen ditu andui hauek klon bereko kideak bezala, eta beste egile batzuek klon espainiarra bezala izendatu dute. Bigarren bilduman beste bi lerroak bereizten dira, non bildumako lehenengo hiru anduiak oso antzekoak diren Estatu Batuetan deskribatutako anduiekin eta berriz, jatorria edo andui monofasiko amerikarrekiko arbaso komuna seinalatuz, eta gure herriko gainerako anduietatik diferentziatuz. Bigarren bilduman tamaina txikiagoko delezioekin karakterizatutako gainerako anduiek, haien artean bakarrik dute komunean tetraerresistentzia-profila eta IS26 sekuentziaren txertaketaren amaiera-puntua, klon europarraren ezaugarri nagusiak seinalatuz. Hala ere PFGE-ak, MLVA-k eta delezioaren PCR-ak erakutsitako desberdintasunek, adierazten dute ez dutela denbora hurbilean jatorri komuna, baina haien artean badaude hertsikiago erlazionatuta deskribatutako beste bi lerroekin baino. Bilduma honetan hiru isolatu monofasiko detektatu dira eta formula antigenikoan bigarren faseko flageloaren gabezia seinalatzen da, baina PCRren eta sekuentziazioaren bidez egiaztatu da fljB genea oraindik mantentzen dutela hainbat IS26 sekuentziaz jarraituta, andui hauek bildumaren barianteek eboluzionatuko luketen arbasoaren antzekoak izan litezke. Salmonella enterica-ko 4,5,12:b:- anduiak lan honen hirugarren bilduman analizatuta, Salmonella Paratyphi B dT(+)-ren hirugarren lerro klonaletik datozten bariante monofasikoak dira eta antibiotikoekiko aurkako erresistentziarik gabe. Dena den, salbuespena, tartratoa metabolizatzeko gaitasuna ez duen anduia (dT-) Salmonella Paratyphi B dT(-)-tik etorriko litzateke. Delezioa isolatu gehienetan karakterizatu arren, ez dira datu nahikorik lortu delezioan inplikatutako gertaera genetikoa ezagutzeko. Isolatuen gehiengoak fljB genearen alboko 27 generen delezioa aurkezten dute. Delezioa transposasa batek eragin ahal izan zuen, baina geroago bere egituraren zati bat galdu zuen 281 bp-eko zati erabilezina utziz. PFGE-ak bariante honetako anduien arteko aniztasun handia erakusten du. Hala ere A pultsotipo barruan, anduiek homologia altua aurkeztu dute eta gainera deskribatutako delezioa aurkeztu zutenak dira. Beste lau pultsotipoen artean biltzen dira karakterizatu gabeko delezioa zuten anduiak. Ondorioztatu genuen beraz, 10 andui hauek lerro ebolutibo desberdinetakoak izan litezkeela eta ondorioz, bigarren faseko flageloaren sintesian inplikatutako generen delezioaren mota desberdinak aurkeztea. Salmonella enterica-ko 4,12:d:- anduiak laugarren bilduma osatzen dutenak Salmonella Schwarzengrund-etik datozten bariante monofasikoak dira eta oso homogeneoak direnez, klon bera osatu lezakete. Delezionatu diren hamaika generen artean bigarren faseko flageloaren sintesian inplikatutako geneak aurkitzen dira eta delezioa IS30 batek sortu zuen. Bariante hau homogeneotasun altua erakutsi du PFGE zein antibiograma-datuetan, baita karakterizatutako delezio motan ere. Beste aldetik, IS30-aren txertatzearen amaiera muturra klon europarraren anduietan deskribatutako nukleotido berarekin bat dator. Azkenik, lan honen konklusio bezala baiezta dezakegu bigarren faseko flageloaren sintesiaren zonaldea insertzio-sekuentzien edo transposonen txertaketarako puntu beroa dela eta Salmonella enterica-ko anduietan bigarren faseko flagelinaren sintesi-ahalmenean eragiten dutela. Hala ere, huts honek ez du desabantaila ebolutiboa ekarri bariante-mota hauetarako.